基金のウェブサイトを通じた寄付金は、税額控除の対象となりますか？

はい。税額控除の対象となります。

お金をまわそう基金の運営費への寄付金や各分野への寄付金だけでなく、当ウェブサイトに掲載している非営利団体の事業に、当ウェブサイトを通じて行った寄付金も、税額控除の対象となります。

税額控除を受けるには確定申告をする必要がありますが、確定申告に必要な領収書と証明書は、毎年１月中旬頃に、前年１年間分のものを発行し、郵送にてお送りします。

参考

寄附金に係る税制上の優遇措置について